我们所吃的食物包含复杂的微生物群，但这些食物微生物群的多样性尚未被充分探索。在《Cell》期刊上发表的一项新研究中，研究人员评估和分析了超过2,500个食物宏基因组，并将其与人类微生物群联系起来，生成了一个新的开放获取资源，名为curatedFoodMetagenomicData（cFMD）。
“我们都知道食物微生物对于食物本身的重要性——质量、保存、健康促进属性等——而食品微生物学家也研究了一些这样的微生物，但令人惊讶的是，尚没有跨越食物类型和地理位置全面表征食物微生物群的努力。”作者Nicola Segata解释道。研究者还评估了食物和人类微生物群之间的重叠，检查了19,833个先前测序的人类宏基因组（来自39个不同国家个体的肠道和口腔样本）。
有趣的是，食物相关的微生物种类占成人肠道微生物群的约3％，在新生儿中的比例超过50％，且在婴儿中食物和人类微生物种类的重叠比在成人或学龄儿童中更为显著。在人类的各个年龄段中，一些食物微生物种类被一致检测到，包括长双歧杆菌和大肠杆菌等。
此外，菌株水平分析表明了食物到肠道的可能传输和肠道定殖（例如，存在于乳制品、发酵饮料和水开菲尔中的乳酸菌属paracasei菌株），尽管食源性病原菌（如李斯特菌）很少被检测到。最后，真菌类群是食物宏基因组的广泛成员，在酒精饮料、发酵饮料和发酵肉类中具有最高的流行率。